事実

保険医療機関であるAクリニック(以下「本件クリニック」という)を個人で開設する麻酔科医師であるX(原告)は、平成23年分から同25年分まで(以下「本件各年分」という)の所得税及び復興特別所得税(以下「所得税等」という)の確定申告をするに当たり、その事業所得の金額の計算上、他の3つの保険医療機関(以下「本件各病院」という)で実施された手術について業務委託契約に基づき行った麻酔関連医療業務(以下「本件業務」という)に係る報酬(以下「本件各報酬」という)の金額が租税特別措置法(平成25年法律第5号による改正前のもの。以下「措置法」という)26条1項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当することを前提に、同項所定の概算経費率を乗じて計算した金額(以下「本件概算経費額」という)を必要経費に算入した。また、Xは、本件業務に係る役務の提供(以下「本件役務提供」という)の対価(本件各報酬)につき、消費税法(平成24年法律第68号による改正前のもの。以下同じ)上非課税となることを前提に、平成22年1月1日から同25年12月31日までに係る各課税期間(以下「本件各課税期間」という)の消費税及び地方消費税(以下「消費税等」という)の確定申告をしなかった。