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事実

A社とX（原告）は、平成27年11月6日付けでXを分割法人としA社を分割承継法人とする吸収分割契約を締結し、同年12月11日、Xの甲事業（以下「本件移転事業」という）はA社に承継された（以下「本件分割」という）。A社の事業は、Xと比べて売上金額は約29分の1だが、売上金額に占める試験研究費の額の割合は高く、平成28年3月期において、Xの上記割合が約2.56％であったのに対し、A社の上記割合は約8.80％であった。このように、A社においては、毎年高額の試験研究費を支出しているため、従前から租税特別措置法（以下「法」という）42条の4に規定する試験研究費に関する法人税額の特別控除（以下「本件特別控除」という）の適用を受けてきた。¶001