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事実

原告Xは、A市が公の施設であるB（以下「本件施設」という）等の管理運営のため、一部出資をして平成10年6月1日に設立した株式会社である。Xは、本件施設の指定管理者の指定を受け、平成25年4月1日付で、本件施設の管理に関する基本協定書を締結し、同協定書において指定管理料は無料とされていた。Xは、A市補助金等交付規則に則り、平成26年度は1億円、平成27年度は1億1600万円の交付を受けた。¶001

A市は、平成28年3月18日、Xを本件施設の指定管理者に指定し、同年4月1日付でXとの間で、本件施設の管理及び運営に関する業務について、基本協定書（以下「本件基本協定書」という）を締結した。本件基本協定書には、Xが行う管理業務（以下「本件管理業務」という）の範囲（7条1項）、本件基本協定書や施設指定管理者運営業務事業計画書等に従ってXが本件管理業務を実施すること（11条1項）のほか、A市が本件管理業務の対価としてXに対して指定管理料を支払うこと、当該指定管理料の詳細は別途「年度協定」によって定められること、Xが指定管理料に関する請求書をA市に送付し、A市は当該請求書を受領してから30日以内に当該指定管理料を支払うことが規定されていた（21条1項～3項）。¶002