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事実
味噌等の製造、卸、販売等を目的とする内国法人であるX（原告）が、平成25年9月期から平成28年12月期までの事業年度における法人税等について、Xの役員3名に支給した給与の全額を損金の額に算入して確定申告したところ、所轄税務署長が、本件各役員給与の額には法人税法34条2項に規定する不相当に高額な部分があり、同給与の額全額を損金に算入することはできないなどとして、法人税等の各更正処分及びこれに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分を行った。これに対して、Xが、本件各役員給与の額に不相当に高額な部分はないなどと主張して、再調査の請求及び審査請求を経て上記各更正処分の一部取消し及び上記各賦課決定処分の全部取消しを求めて提訴したのが本件である。なお、本件訴訟において、Y（国。被告）は、本件各法人税更正処分認定の適正給与額とは異なる金額を適正給与額として主張した。¶001