事実

X社(原告)の元常務取締役Eは、X社所有の土地を、Eが代表取締役を務める訴外A社、訴外D社とX社が共有しているとの虚偽の契約書を作成した上、訴外Bに売却し、Bから合計2億6350万円(本件着服金)をA社及びD社に振り込ませた。X社は、Eが作成して同社に備え付けた虚偽の内容の契約書写しに基づき、法人税確定申告書を作成した。N国税局調査査察部は、A社に対する法人税法違反の犯則事件の調査(本件犯則調査)において、X社の本社に臨場し不正を確認した。Eは別件訴訟において本件着服金に係るX社からの損害賠償請求を認諾したため、X社は本件着服金に係る売掛債権計上漏れ及び上記損害賠償金を益金に、横領損失を損金に算入した修正申告書を提出した。その後、所轄税務署長はX社に対して課税調査を実施し、重加算税賦課決定処分を行った。