事実

X(原告。肉用牛の飼育、肥育及び販売等を目的とする株式会社)は、平成19年12月期から平成25年12月期までの法人税等の申告につき租税特別措置法67条の3第1項2号に定める特例の適用が認められないにも関わらず、特例を適用したとして平成27年3月17日付で青色申告承認取消処分及び更正処分並びに重加算税の賦課決定処分を受けた。

また、平成25年12月期につき、Xの元代表取締役に対して支給した退職給与(本件役員退職給与)の額が法人税法34条2項の「不相当に高額な部分の金額」があるとして平成27年6月29日付で再更正処分を受けた。