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事実

（原告Xが合併によりその納税義務を承継した）A社は、B社の発行済株式の全部を購入する方法でB社と企業提携を行い、仲介業務及び企業調査（いわゆる、デューデリジェンス。以下「DD」という）に係る報酬等を支出した。また、Xは、C社の発行済株式の全部を購入する方法でC社と企業提携を行い、仲介業務及び企業調査に係る報酬等を支出した。¶001

A社及びXは、仲介業務及び企業調査に係る報酬等の費用を、当該費用を支出した事業年度の損金の額に算入して法人税等の確定申告をしたところ、処分行政庁は、当該費用は法人税法施行令119条1項1号に規定する「その有価証券の購入のために要した費用」に該当し、それぞれ、B社株式及びC社株式の取得価額に算入すべきであるとして、法人税等の各更正処分及びこれらに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分をした。Xは適法な手続を経て、処分取消の訴えを提起した。¶002