事実の概要 

⑴ X(原告・控訴人=被控訴人)は、経済産業省(以下、経産省)に勤務する国家公務員である。Xはトランスジェンダー(出生した時に割り当てられた性別と自認している性別とが一致しない状態またはその状態の者をいう)であり、出生時に生物学的な性別は男性であると判定されたが、自認している性別(心理的な性別)は女性である(MtF, Male to Female)。

Xは、幼少の頃から、自らの身体的性別に強い違和感を抱いていた。男性として入省後の平成10年頃から、女性ホルモンの投与や性同一性障害の専門医によるカウンセリングを受けるようになり、平成11年頃には性同一性障害との診断を受けた。平成20年頃からは、私的な時間の全てを女性として過ごすようになった。