事実

内国法人であるX(原告)は、平成23年6月30日から同年7月4日までの間に、G(個人)から年利14.5%で合計164億円を借り入れ(以下、「本件借入れ」という)、これに対する支払利子の額を所得の金額の計算上損金の額に算入して、平成23年11月期及び平成24年11月期に係る法人税の確定申告をし、さらに、その確定申告における翌期へ繰り越す欠損金額を前提として、平成25年11月期に係る法人税及び復興特別法人税の確定申告をした。これに対し、E税務署長(処分行政庁)は、①Gがシンガポールに住所地を移転し平成23年7月5日以降非居住者となったこと、②Xがその事業活動に必要とされる資金の相当部分を非居住者であるGからの借入れによって調達しており、GはXの事業の方針の全部又は一部につき実質的に決定できることから「国外支配株主等」に該当し、過少資本税制により、上記支払利子の一部(合計約14億6250万円)について損金の額に算入することができないとして、更正処分等に係る過少申告加算税の賦課決定処分をした。