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事実の概要

青色申告の承認を受けた法人であるX(原告・控訴人・被上告人)は、昭和48年2月1日から昭和49年1月31日までの事業年度分法人税について確定申告した際に、昭和48年6月に取得した冷房機が租税特別措置法(昭和49年法律17号による改正前のもの)45条の2第1項所定の「機械」にあたり、したがってその減価償却費の計算については特別償却規定が適用されると考え、その減価償却費を54万1355円と算定してこれを損金に計上した。これに対し、税務署長Y(被告・被控訴人・上告人)は、本件冷房機が法人税法2条24号(現行法では23号)、同法施行令13条1号所定の建物附属設備にすぎず、その減価償却費の計算につき特別償却規定が適用される「機械」にはあたらないと判断して、Xが損金に計上した54万1355円から法人税法31条1項所定の普通償却の計算方法に基づき算定した減価償却費17万3319円を差し引いた36万8036円について、その損金算入を否認し、更正および過少申告加算税賦課決定をした。そして、その更正通知書には、更正の理由として、「一、減価償却費の償却超過額……36万8,036円。48年6月取得の冷暖房設備について機械として特別償却していますが、内容を検討した結果、建物附属設備と認められ、特別償却の適用はありませんので、次の計算による償却超過額は損金の額に算入されません。(種類)冷暖房設備(償却限度額)17万3,319円(貴社計算の償却費額)54万1,355円(差引償却超過額)36万8,036円」と記載されていた。¶001