事実

Y(被告)は、家庭用家具の製造販売等を目的とする株式会社であり、平成25年7月頃からその株式をJASDAQスタンダード市場に上場していた。X(原告)は、有価証券等の売買、有価証券指数等先物取引、外国為替証拠金取引、商品先物取引及び外国証券先物取引等を目的とする合同会社である。

Yは、その株主をYの大株主であった株式会社A、株式会社B、株式会社C及び株式会社D(本件株主ら。いずれも訴外)のみとし、Yを非公開化することを目的として、株式併合を実施することにした。Yは、平成31年1月23日に開催した臨時株主総会の決議に基づいて、同年2月15日を効力発生日とし、Y株式4万9842株を1株に併合する株式併合(第1回株式併合)を実施した。第1回株式併合に伴い、Y株式は、同年2月12日付けで上場廃止となった。ところが、X代表社員である訴外甲は、第1回株式併合の効力発生日前にYの株式を買い増し、4万9842株を超える数のY株式を保有するに至った。このため、第1回株式併合後も甲がY株式を1株保有することとなった。