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事実の概要

宗教法人であるX（原告・控訴人・上告人）は、昭和58年頃から、死亡したペットの葬儀や供養などを有料で行う事業（以下、「本件ペット葬祭業」という）を、境内に専用の火葬場や墓地などを設置して営んできた。本件ペット葬祭業の概要は以下のとおりである。Xはペットの重さと3種の火葬の方法（合同葬、一任葬、立会葬）との組合せによる料金表（以下、「本件料金表」という）を用意しており、依頼者のほとんどは本件料金表に掲示された料金をXに支払っている。一任葬および立会葬の場合には、依頼者は火葬したペットの遺骨を無料の合同墓でなく、有料の納骨堂または単独墓に納骨することを選択できるが、毎年の管理料を支払うとともに、3年の使用期間の更新3回目（9年目）には継続使用料を納入することが必要であり、更新を行わない場合や管理料が3か月以上未納となった場合、遺骨は合同墓に埋蔵されることとなる。また、Xは、塔婆や位牌などの販売を行うほか、ペットの死体を斎場まで有料で運搬するサービスや、遺骨を納めた飼い主からの依頼に基づく有料の初七日法要や七七日法要も行っている。このような状況の下、Xは法人税の確定申告を行ってこなかった。¶001