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事実の概要

訴外Aはシンガポール共和国で設立された外国法人である。平成10年3月、Aはその保有株式を売却または消却し、同年同月に係る事業年度において株式譲渡益を計上した。なお同国の税制が当該譲渡益を非課税としていることなどから、当該事業年度の所得に対し同国において課される租税の額はAの課税所得金額の4パーセント余りとなっていた。¶001

一方、平成3年4月以降、内国法人X（原告・控訴人・上告人）はAの発行済株式総数のうち9割を保有していたところ、平成15年2月、所轄税務署長Y（被告・被控訴人・被上告人）は租税特別措置法（措置法。平成12年法律97号による改正前のもの）66条の6第1項に基づきXに更正処分等を行った。処分理由は、Aが同規定にいう「特定外国子会社等」に該当するため、Aの上記事業年度における「課税対象留保金額」をXの係争事業年度における所得金額の計算上益金の額に算入すべきである、というものであった。¶002