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事実の概要

我孫子市（以下、「X」とする）は、根戸新田の土地を農用地から除外することを内容とする農業振興地域整備計画の変更案を作成し、平成22年2月1日に、千葉県知事（以下、「Y」とする）に対し、農業振興地域の整備に関する法律（以下、「農振法」とする）13条4項が準用する8条4項の規定に基づき、本件計画変更案に係る協議の申出を行った（農業振興地域整備計画のうち農用地利用計画については、都道府県知事の同意が必要とされている）。Yは、根戸新田の土地の一部は、農振法10条3項2号にいう土地改良事業等（農業用用排水施設の新設または変更）の施行に係る区域内にある土地であり、農用地区域とすべき土地であるとして、同年2月15日に、Xに対して不同意を通知した。¶001